企業(yè)在申請國家高新技術企業(yè)認定時，需要準備以下財務資料：

1.近三個會計年度的財務會計報告：包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書。這些報告需由具有資質的中介機構鑒證。

2.近三個會計年度研究開發(fā)費用專項審計或鑒證報告：報告需包含近三年研發(fā)費用占同期銷售收入比重、研發(fā)費用與所得稅納稅申報表及財務會計報告中相關數(shù)據(jù)差異的說明。

3.近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計或鑒證報告：報告需證明高新技術產品(服務)收入占企業(yè)同期總收入的比例不低于60%。

4.近三個會計年度企業(yè)所得稅年度納稅申報表：包括主表及附表。

5.研發(fā)費用輔助賬：用于證明公司建立了完善的研發(fā)組織活動流程。

6.財務報表的其他要求：提供的財務報表不應含下屬法人企業(yè)的合并報表，數(shù)據(jù)應與企業(yè)所得稅年度納稅申報表保持一致或符合邏輯關系。

這些財務資料是高新技術企業(yè)認定過程中的重要組成部分，企業(yè)應確保其真實性和完整性，以便順利通過認定。